Наприкінці 1880-х років родина Ханенків оселяється в Києві. Їхній вишуканий дім-палац по вулиці Терещенківській (тоді - Олексіївській) стає «перлиною» міської архітектури.
Богдан активно включається в культурне та суспільне життя міста. Цукровий бізнес, фінанси, державна законотворчість, благодійництво, народна освіта, історія мистецтва. З 1896 року він керує справами Товариства буряко-цукрових та рафінадних заводів братів Терещенків.
В цей же час Ханенко очолює та успішно реалізує проект відкриття у Києві першого публічного музею - «Київського художньо-промислового та наукового музею імені імператора Миколи Олександровича» (нині в цій будівлі по вулиці Грушевського, 6 розміщується Національний художній музей України. До першого музею Ханенко передає значну частину своєї колекції – зокрема, безцінну археологічну збірку. “Музей має бути не лише зібранням раритетів та взірців, але водночас і школою, і храмом, і священним місцем, куди мусять стікатися всі для вивчення прекрасного і поклоніння красі – щоб потім, у житті, любити і шанувати красу”, – так висловив Богдан Ханенко місію першого музею під час його освячення 1904 року.
Ханенко досліджує власні зібрання археології та мистецтва, упорядковує та видає каталоги предметів. Вони з Варварою багато подорожують Європою, розшукуючи рідкісні твори західноєвропейського, азійського, античного мистецтва.
Незадовго до смерті, навесні 1917 року, Ханенко підписує заповіт, у якому доручає дружині підготувати й передати громаді міста його частину колекції, а також рекомендує додати до цього її частину зібрання та організувати в їхньому домі музей світового мистецтва. Для підтримки майбутнього музею Ханенко залишає значний ресурс: дохід від оренди квартир у великому прибутковому будинку по сусідству (Терещенківська 13).
«Творіння геніїв за своєю суттю не можуть належати лише тим, хто ними володіє, художній твір – надбання, яке належить усім… Ось чому в дарунках власників музеям слід убачати лише щедре повернення належного». (з урочистої промови на освяченні першого музею, 1904 р.)
Богдан Ханенко помер у травні 1917 року. Похований на цвинтарі Видубицького Михайлівського монастиря. Після його смерті справу створення музею завершила Варвара Ханенко.
